重点实验室是中心科技创新体系的重要组成部分，也是中心学术精华和前沿所在。目前中心拥有河北省及中科院建立的3个重点实验室： 

　　1、中国科学院农业水资源重点实验室 

　　    农业水资源重点实验室以保障华北农业可持续发展和国家粮食安全为目标，以提高农业水资源利用效率为核心，从分子、植株、农田及区域多尺度研究水资源在农业中的消耗过程、影响机理和调控机制，提高华北农业水资源利用理论和技术的研究水平。通过区域水资源优化配置，为区域农业可持续发展提供战略支持。 

　　2、河北省节水农业重点实验室 

　　    节水农业重点实验室以农业节水技术为主攻方向，根据河北省以及华北地区水资源特征、区域农业经济发展特点和水平，通过节水农业前沿领域基础理论和关键技术创新、节水产品研发、水资源管理综合研究，为水资源的持续利用和农业可持续发展提供理论、技术和决策支持。 

　　3、河北省抗逆植物繁育及种质资源创新工程实验室 

　　    抗逆植物繁育及种质资源创新工程实验室面向滨海盐碱地绿化和生态环境改善需求，在充分发掘利用植物自身耐盐潜能的基础上，通过筛选、培育耐盐经济植物和绿化植物品种，创制耐盐植物种质资源，建立耐盐植物快速繁育技术和耐盐快速鉴定技术体系，为滨海盐碱区生态环境建设提供技术支撑。 

　　4、河北省土壤生态学重点实验室

　　河北省土壤生态学重点实验室，将面向新时期河北省农业高质量绿色发展和生态文明建设重大需求，以土壤健康和可持续发展为目标，针对集约农田健康土壤保育和退化土壤恢复问题，以河北省主要土壤生态系统类型为研究对象，完善建立土壤生态学研究网络平台，加强国内外学术交流与人才培养，重点开展土壤生态过程与界面调控机制、土壤污染过程与环境效应、土壤生态调控与生态工程研究，揭示健康土壤形成的分子生态机制、土壤污染物在土壤的迁移与阻控机制、退化土壤的修复机制，构建保障食物安全和生态安全的土壤生态屏障技术体系，全面提升河北省土壤生态学研究水平，为河北省和我国乡村振兴和生态文明建设提供科技支撑。